Ήρωες της σειράς είναι ο Ειδικός Πράκτορας του FBI Φοξ Μόλντερ (Fox Mulder), απόφοιτος της Οξφόρδης, παθιασμένος με το παραφυσικό και ο οποίος πιστεύει σε θεωρίες συνωμοσίας, και η πιο ορθολογική συνάδελφος του Ντέινα Σκάλι (Dana Scully), με στιβαρή επιστημονική κατάρτιση και σκεπτικισμό ως προς τα παραφυσικά φαινόμενα. Το 1993 ανατέθηκε στην τελευταία να επιβλέψει την έρευνα από τον Πράκτορα Μόλντερ ορισμένων ανεξιχνίαστων υποθέσεων του Γραφείου, των Φακέλων-Χ (X-Files), και να παράσχει το απαιτούμενο επιστημονικό υπόβαθρο στη μελέτη τους