Υπάρχουν δύο πραγματικότητες: μία που αποτελείται από την καθημερινή μας ζωή και μία που αναιρεί αυτό που ξέρουμε μέχρι σήμερα. Η ΠΡΩΤΗ είναι ένα ΟΝΕΙΡΟ. Η ΑΛΛΗ είναι το MATRIX! O Neo, o Morpheus, και η Trinity μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Matrix. Αποστολή του Neo είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Zion, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Morpheus ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει χάρη στον εκλεκτό που είναι ο Neo εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Neo όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Trinity.